Suzumiya Haruhi no Yūutsu tracta de la vida de l'estudianta de secundària superior Haruhi Suzumiya i d'aquells que queden atrapats en les seues bogeries. Encara que Haruhi és el personatge central, la història és contada des del punt de vista de Kyon, un dels seus companys de classe.
Kyon és un estudiant de secundària superior que recentment ha deixat arrere les seues fantasies de successos paranormals, viatgers del temps, i aliens, juntament amb l'escola secundària inferior. No obstant això, quan tria parlar amb una xica excèntrica que respon al nom d'Haruhi Suzumiya el primer dia de classe, intencionalment deslliga una cadena d'esdeveniments que ho duen a situacions enterament diferents del món real.
Haruhi cerca entre tots els clubs de l'escola algun que li interesse, però tan solament troba insatisfacció en ells, a pesar de ser bona en pràcticament qualsevol tasca que es proposa. Kyon fa una observació maliciosa de les seues accions i accidentalment li dóna a Haruhi la idea de fundar ella mateixa un club. Haruhi recluta a Kyon per força perquè l'ajude a fundar el club, al que crida Brigada SOS, encara que a ell tan sols li interessa protegir a altres víctimes indefenses dels "arrests voluntaris" d'Haruhi. Conforme la història va progressant es revela que cadascuna d'estes suposades "víctimes indefenses" té una raó per a estar allí.
Un poc més tard, Kyon es fa la pregunta de "Qui és Haruhi, per a ell?", i coses per l'estil, adonant-se de l'important que és el punt de vista que té Kyon d'Haruhi.
